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Formations scientifiques des Masters 2 de l'Université Paris-Saclay

11/2015

L'ED SDSV encourage fortement les doctorants à compléter leur formation initiale en suivant les cours dispensés par les masters de l'Univeristé Paris-Saclay.

Pour intégrer une formation, le doctorant contactera le responsable d'enseignement afin de s'assurer qu'il peut y être accueilli.

Dans la school Biologie Santé, les enseignements des parcours de Master 2 suivants s'inscrivent tout particulièrement dans le champ thématique de l'ED SDSV :

 

Toujours dans la school Biologie Santé, on pourra s'intéresser à des UE des Masters suivants :

Dans la school Biodiversité, écologie et évolution, les doctorants trouveront également des UE qui élargiront leur culture scientifique ou éclaireront un problème spécifique de leur sujet de thèse. Voir les Masters BEE.

Enfin, dans la school Bioinformatique, des enseignements du Master 2 Biologie Computationnelle - Analyse, Modélisation et Ingénierie de l'Information Biologique et Médicale (AMI2B) pourront être intégrés à la formation du doctorant SDSV pour appréhender les problèmes de traitement des données en masse de la génomique, entre autre.

Module d'enseignement doctoral "Génétique Évolutive", 3-12/02/20, Paris-Saclay

27/09/19

Ouverture en 2020 du module d'enseignement GEVO (génétique évolutive) du 3 au 12 février 2020.

Ce module est ouvert aux étudiants du master BEE, mais aussi aux doctorants et aux chercheurs qui souhaitent approfondir leurs connaissances en génétique des populations et génétique quantitative. Il est organisé par des enseignants-chercheurs de l'Institut Diversité, Ecologie et Evolution du Vivant (IDEEV) essentiellement sous forme de cours intégrés, en salle informatique, en utilisant des exemples concrets.

Mots-clés : Phylogéographie - Structure des populations - Coalescent - Modèles démographiques - Selective sweeps - Génomique - Héritabilité - Gradients de sélection - G matrx - Milieu variable.

Si vous souhaitez rafraîchir/approfondir vos connaissances et/ou acquérir des savoirs-faires pratiques dans ces domaines, merci de vous inscrire sur le site web de GEVO avant le 15 octobre.

Pour toute question, contacter Sandrine Le Bihan.

UE Modélisation statistique pour les doctorants ABIES, SDSV, SDV et FdV

Ce module est destiné aux DOCTORANTS et/ou CHERCHEURS en Biologie ayant déjà suivi, au cours de leur cursus universitaire, une formation théorique en biostatistiques, mais qui se retrouvent aujourd'hui confrontés à des problèmes d'analyse de données. Les objectifs de ce module sont :

  1. Apprendre à identifier dans un problème biologique la ou les questions auxquelles on peut répondre par une démarche probabiliste, et à écrire un modèle statistique.
  2. Aider par la pratique les participants confrontés pour la première fois à un jeu de données réelles et complexes.

II se déroule en trois temps : 1er mars, 18-22 mars, et 8-12 avril 2019.

Inscription en ligne obligatoire AVANT LE 10 février 2019.

Le module est organisé par des enseignants-chercheurs de l'université Paris Sud et AgroParisTech et des chercheurs des écoles doctorales ABIES, SDSV, SdV et FdV. Il est demandé aux participants d'arriver avec un jeu de données à analyser. Les participants présenteront leur données et les questions associées lors de la journée de présentation. Des cours accompagnés de TD sur des techniques de modélisation assez générales seront dispensés pendant la première semaine. Un temps sera réservé pour une première approche de modélisation sur les données des participants.

Pendant la deuxième semaine quelques cours plus en lien avec les problèmes spécifiques des participants seront présentés et un temps plus long sera dédié aux problèmes de modélisation des participants. Le fruit de ces réflexions sera restitué la dernière journée.

Les cours seront en français, sauf demande spécifique. Pour tous renseignements, consultez le site web.

École d'automne inter-ED "Attacking societal challenges through different approaches in life sciences: a synthetic project building approach", 5-9/11, Paimpont

21/08/18

Les écoles doctorales ABIES, SDV et SDSV organisent à l'automne une formation doctorale, ouverte à tous les doctorant.e.s des labos affiliés au LabEx BASC et intitulée "Attacking societal challenges through different approaches in life sciences: a synthetic project building approach" du 5 au 9 novembre 2018, à la Station biologique de Paimpont.

Pendant cette formation, vous pourrez :

  1. interagir avec des personnes de différents horizons,
  2. développer et formaliser un projet qui mobilise vos idées et expériences passées,
  3. perfectionner vos capacités à expliquer et défendre vos idées,
  4. renforcer vos capacités de critique constructive,
  5. travailler dur,
  6. et beaucoup vous amuser.

Inscriptions avant le 28 septembre :

Formations scientifiques hors de l'Université Paris-Saclay, en Île-de-France, en région et à l'étranger

 

>>> Enseignements MNHN, Institut Curie, Institut Pasteur, Collège de France - DU et DIU - écoles d'été et écoles thématiques - formations à l'étranger - formations organisées par des organismes de recherche (CNRS, Inserm, INRA...) - L'IFSBM et le réseau des écoles doctorales.

 

Formations diplômantes : DU et DIU

DIU « Immunologie et Biothérapies » 2017-2018, à Paris

28/07/17

L’Université Pierre et Marie Curie coordonne avec plusieurs universités françaises* un DIU intitulé « Immunologie et Biothérapies » dont les 7 modules se tiendront à la Faculté de Médecine Pitié-Salpêtrière, bd de l'Hôpital, Paris 13e.

Téléchargement du programme où vous trouverez les horaires et lieux de cours détaillés, ainsi que le nom des intervenants.

* Fac de médecine de Paris-sud, Univ. de Strasbourg, UPMC, Univ. Montpellier 1, Univ. Paul Sabatier de Toulouse, Faculté de Médecine de Lille 2.

DU GBM "La valorisation de la recherche et l'innovation biomédicale", janvier et mars 2018, Paris

04/07/17

L'objectif de ce diplôme universitaire de Génie Biologique et Médical est de connaître l'environnemnet social, économique et réglementaire biomédical, afin de valoriser ses recherches et de travailler avec ou dans les industries de santé.

Comment mener l’idée innovante au malade ? Quels sont les facteurs de succès d’un partenariat recherche-industrie ? Comment valoriser son Doctorat ou son Master ? Quels métiers, quelles opportunités avec son diplôme ? Que faut-il savoir avant de se lancer dans l’entrepreneuriat ? Toutes ces questions sont abordées dans le programme du DU GBM, dont les intervenants sont tous issus du monde de la recherche et de l’industrie.

Organisée par la Faculté de médecine de l'UPMC, cette formation est ouverte à tous : d’une part aux chercheurs du secteur public ou privé, aux médecins, professionels de la santé, ingénieurs actifs dans le domaine des sciences de la vie et des technologies médicales, pharmaciens, juristes… et d’autre part accessible aux Masters et  Doctorants (possibilité de prise en compte comme module d’école doctorale ou de Master).

Les modules sont programmé le 11/01, du 24 au 26/01 puis du 30 au 24/03/18 à l'hôpital des Diaconnesses dans le 12ème arrondissemnt de Paris.

La formation est labellisée par le réseau Medicen.

En savoir plus et contacter le secrétariat

European course on Comparative Genomics, 2-13/10/17, ENS Lyon

27/07/17

The comparison of genomes is currently revolutionizing multiple facets of biology, allowing to approach globally the mechanisms at the origin of diversity and evolution of genomes, cellular pathways, phenotypes, populations and species. Linked to the second technological revolution of genome analysis, this course aims to form students to comparative genomics, a discipline in constant evolution. The course will focus on current big challenges, innovative concepts and original approaches related to the increasing impact of genomics on domains as different as biology, medicine and biotechnology, with an assessment of its potential effects on society.

The covered topics include methods of genome analysis, mechanisms involved in the evolution of both prokaryotic and eukaryotic genomes, phylogenomics, reconstruction of ancestral genomes, metagenomics, paleogenomics, personal and medical genomics, genomics of adaptation and population genomics, with a closing conference discussing the impact of recent and future developments of genomics.

The “Comparative Genomics” course involves both French and foreign expert scientists in the field, who will strongly interact with students during conferences and round tables. An important proportion of invited speakers originate from foreign institutions, and the course is largely open to students from outside, especially from foreign countries.

The course is open to students from the ENS and external students coming from European higher education establishments. Lectures are in English.

Registration is free; it will close on 20/09.

The preliminary program and registration form are available on the LBBE website.

Diplôme universitaire "Biologie de l'Évolution et Médecine", Université Lyon 1

8/07/19

Ce diplôme s’adresse à tous les professionnels de la santé humaine et animale et des sciences de la vie, ainsi qu'aux étudiants (4ème année validée) et, par extension, à tous les passionnés des sciences de l'évolution.

La découverte de l’importance des microbiotes, l’antibiorésistance, les nouvelles pratiques obstétricales, l’augmentation de prévalence des maladies psychiatriques, l’épidémie d’obésité, les viroses émergentes, les nouvelles pressions démographiques et environnementales, et tant d’autres sujets d’actualité, rendent nécessaires l’introduction d’une réflexion évolutionniste en pratique clinique.

Partant du constat que les sciences de l’évolution ne sont pas encore enseignées en faculté de médecine, l’Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL1) et le laboratoire d’excellence (Labex) ECOFECT ont décidé d’assurer conjointement le haut-patronage de ce diplôme qui est le premier de ce type en Europe.

C'est la première fois qu’un enseignement de biologie de l’évolution est intégré dans le cursus des études médicales. Il illustre le travail de pionnier du LabEx Ecofect. L’objectif est de replacer l’infectiologie et d’autres disciplines médicales dans le cadre plus large de l’écologie et de l’évolution. Intégrer le raisonnement évolutionniste dans la formation initiale et continue des médecins, chercheurs, praticiens et cliniciens en santé humaine ou animale, devrait conduire à ouvrir de nouvelles voies de prévention, de diagnostic et de traitements. Pour cet enseignement, vingt-cinq intervenants ont été sollicités parmi les meilleurs chercheurs au niveau national et international : médecins, biologistes de l’évolution, philosophes, épistémologistes, méthodologistes – qui ont tous accepté avec enthousiasme.

Nous aurons ainsi à Lyon les premiers praticiens formés en France à la biologie de l’évolution.

Ce D.U. est sous la responsabilité de Gérard Lina (PU-PH à UCBL1 et CIRI), Luc Perino (Médecin, essayiste) et Dominique Pontier (PU - UCBL1, CNRS - UMR 5558, codirectrice Ecofect), tous les trois membres du LabEx Ecofect.

Voir le site du DU BEM

Inscription entre le 24 août et le 11 novembre.

Enseignements du MNHN

Module MNHN "Mécanismes de l'évolution", 27-31/03/17

08/02/17

Organisé par Patrice David et Sarah Samadi, ce module de l'ED 227 du MNHN aura lieu du lundi 27 mars au vendredi 31 mars au MNHN, bâtiment de la Baleine, Salle Claude Hélène, 43 rue Cuvier, Paris 05.

Les intervenants prévus en 2017 sont : Frédéric Austerlitz (CNRS, MNHN Paris), Paul Verdu (CNRS, MNHN Paris), Anouk Barberousse (Université Lille1), Patrice David (CNRS, Montpellier), Violaine Llaurens (CNRS, MNHN Paris), Manuela Lopez-Villavincencio (MNHN, Paris), Sarah Samadi (MNHN Paris).

Voir le programme

Le module est ouvert à tous mais les doctorants sont prioritaires.

S'inscrire via le formulaire "inscription 2017". Si le nombre d'inscription dépasse 20, une sélection sera faite.

Module MNHN "Épigénétique et Fonctionnement Cellulaire", 9-11/04/2019

7/12/18

Dans le cadre des enseignements de l'ED 227 du Muséum National d'Histoire Naturelle se déroulera du 9 au 11 avril 2019 le module "Épigénétique et Fonctionnement Cellulaire" au laboratoire de Physiologie du 7 rue Cuvier à Paris.

Programme

Pour les inscriptions et pour toute information, veuillez contacter par email :

Module MNHN "Microbiodiversité, entre écosystèmes, évolution et société", 7-9/06/17, Paris

12/05/17

Le module de l'école doctorale du Muséum intitulé "Microbiodiversité, entre écosystèmes, évolution et société", dont vous trouverez le programme ci-dessous, aura lieu du 7 au 9 juin 2017 au Jardin des Plantes à Paris dans l'amphithéâtre Rouelle, Jardin des Plantes, bâtiment de la Baleine (entrée rue Cuvier).

Il est organisé par Laurent PALKA et Bruno de REVIERS.

Mercredi 7 juin 2017
Jeudi 8 juin 2017
Vendredi 9 juin 2017

Merci de vous inscrire par mail auprès de Laurent PALKA.

Cours au Collège de France

Par convention, les enseignements, séminaires, colloques et conférences organisés tout au long de l’année par l’ensemble des chaires au Collège de France peuvent être inclus dans les heures de formation des doctorants de l'ED.

Ces enseignements sont différents tous les ans et peuvent donc être suivis plusieurs années de suite. On consultera le site du Collège de France pour connaître le programme des enseignements et des colloques, et retrouver les vidéos des cours.

Pour faire vaider un enseignement : le correspondant « École doctorale » du Collège de France établit une fiche nominative de suivi de cours qui sera envoyée par courriel à l'école doctorale et/ou au doctorant ; le doctorant doit se présenter au professeur au premier et au dernier cours, afin de lui faire signer le document ; à la fin de la session de cours, l'étudiant doit faire parvenir la fiche de suivi de cours signée, au secrétariat de son école doctorale.

L'étudiant est seul responsable de sa fiche de suivi de cours et de son acheminement auprès du secrétariat de l'école doctorale pour validation en unités d'enseignement.

Les cours et séminaires sont gratuits, en accès libre, sans inscription préalable.

Chaire "Microbiologie et maladies infectieuses" - Philippe Sansonetti

17/09/19

Le cours de 2019-2020 a pour titre "Ultima verba".

Le premier cours de Ph. Sansonnetti, "L'itinéraire d'un microbiologiste gâté", aura lieu le mercredi 4 décembre à 16h00 dans l'amphithéâtre Maurice Halbwachs-Marcelin Berthelot. Les cours se succéderont tous les mercredis jusqu'au

Rémy Slana (Responsable de l'équipe d'épidémiologie environnementale, IAB, Inserm-CNRS-Univ. Grenoble-Alpes) donnera une cocnférence invitée le vendredi 25 octobre à 14h00 : "Influence des expositions environnementales précoces sur la santé humaine dans l'anthropocène : des particules fines à l'exposome", salle2 Marcelin Berthelot,

Voir le programme des cours

 

Chaire "Dynamiques du vivant" - Thomas Lecuit

17/09/19

Le cours 2019-2020 a pour titre "Moteurs et limites de la croissance : information et énergie".

Le premier cours de Thomas Lecuit aura lieu le 12 novembre 2019 à 10h00 dans l'amphithéâtre Guillaume Budé - Marcelin Berthelot.

Voir le programme des cours

Le conférencier invité par Thomas Lecuit est Rob Philipps, professeur au California Institute of Technology, avec un cycle de conférences intitulé "Biology by the Numbers" qui commencera le 24 avril.

Le colloque de fin de programme "Contraintes et plasticité du développement et de l'évolution" se tiendra les 30 juin et 1er juillet 2020.

Chaire "Épigénétique et mémoire cellulaire" - Edith Heard

17/09/19

Le cours 2019-2020 d'Edith Heard a pour titre : "Le génome en, quatre dimensions".

Le premier cours d'Edith Heard aura lieu le 9 mars 2020 à 10h00 dans l'amphithéâtre Maurice Halbwachs - Marcelin Berthelot.

Voir le programme des cours

Le colloque de fin de programme aura lieu les 8 et 9 juin 2020.

Chaire "Oncologie cellulaire et moléculaire" - Hugues de Thé

17/09/19

Le cours 2019-2020 du Professeur Hugues de Thé a pour thème : "Sénescence et réponse thérapeutique".

Le premier cours aura lieu le 28 octobre 2019 à 14h00 dans l'amphithéâtre Guillaume Budé - Marcelin Berthelot.

Voir le programme des cours

Le colloque de fin de programme "Cancer et immunité" se tiendra les 14 et 15 mai 2020.

Chaire internationale "Évolution des génomes et développement" - Denis Duboule

17/09/19

Le cours 2019-2020 de Denis Duboule portera sur "Évolution du génome et développement".

Le premier cours se tiendra le 12 mai 2020 dans l'amphithéâtre Maurice Halbwachs - Marcelin Berthelot.

Voir le programme des cours

Le colloque de fin de programme "Contraintes et plasticité du développement et de l'évolution" se tiendra les 30 juin et 1er juillet 2020

Chaire "Médecine expérimentale" - Alain Fischer

17/09/19

Alain Fischer a programmé son cours 2019-2020 sur le thème : "Cancer et immunité".

Le premier cours se tiendra le 30 mars 2020 à 16h30 dans l'amphithéâtre Guillaume Budé - Marcelin Berthelot

Voir le programme des cours

Le colloque de fin de programme "Cancer et immunité" se tiendra les 14 et 15 mai 2020.

Chaire "Génomique humaine et évolution" - Lluis Qintana-Murci

17/09/19

Titulaire de la nouvelle Chaire "Génomique humaine et évolution", Lluis Quintana-Murci programme son cours 2019-2020 sur le thème "Évolution humaine et génétique des populations".

Il a pour objectif de montrer comment le progrès des connaissances sur la variabilité du génome au niveau des populations humaines et sur les différents facteurs qui façonnent cette variabilité aide à comprendre l’histoire démographique de l’homme, son adaptation à l’environnement ainsi que les relations entre diversité génétique et diversité phénotypique, qu’elle soit bégnine ou responsable de maladies.

Les sujets à traiter - qui seront abordés d’une façon succincte et intégrative cette première année et d’une façon détaillée et spécifique par thème à partir de l’an prochain - incluent (i) introduction à la génétique des populations, (ii) diversité génétique et phénotypique chez l’Homme, (iii) reconstruction génétique de l’histoire démographique de notre espèce, (iv) sélection naturelle et phénotypes adaptatifs, (v) diversité génétique et forces culturelles, et (vi) adaptation de l’Homme aux pathogènes : immunité et maladies infectieuses.

Le premier cours aura lieu le 28 février 2020 à 14h00 dans l'amphithéâtre Maurice Halbwachs - Marcelin Berthelot.

La leçon inaugurale "Une histoire génétique : notre diversité, notre évolution, notre adaptation" est programmée le 6 février à 18h00 dans l'amphithéâtre Marguerite de Navarre - Marcelin Berthelot.

Le colloque de fin de programme "Genetic admixture: inference and evolutonary consequences" se tiendra les 9 et 10 juin 2020.

Voir le programme du cours

Formation à l'Institut Curie

9th course "Non-coding genome", 26/02-4/03/20, Institut Curie, Paris

24/10/19

Génome non codant : ARN non codants acteurs majeurs de l’homéostasie cellulaire, de la réponse au stress et des maladies

Ce cours explorera la diversité des éléments d'ADN non géniques et des ARN non codants dans un large spectre de processus cellulaires, chez l'homme et les organismes modèles, ainsi que leur implication dans la physiologie et la pathologie. Des experts de renommée internationale présenteront leurs dernières découvertes relatives à l'identification et à la caractérisation fonctionnelle du génome non codant et discuteront de nouveaux concepts en matière de régulation et d'évolution du génome, en mettant l'accent sur les outils expérimentaux et informatiques. Les sessions thématiques incluront des ARN non codants longs et petits, des éléments transposables, des répétitions d'ADN structurel et des éléments régulateurs non codants. Ce cours offrira aux jeunes étudiants et aux chercheurs l’occasion d’élargir leurs connaissances et de discuter de leurs travaux avec une communauté scientifique internationale dans un environnement chaleureux et stimulant de l’Institut Curie à Paris.

Thèmes abordés :

Organizers: S. Diederichs, A. Morillon, M. Pinskaya.

Selection upon basis of applications (CV, motivation letter, references). No registration fees are requested. Application deadline: 1er décembre 2019.

Information, programme and registration

16th course on Epigenetics: "Chimio-Biologie du Noyau", 18-25/03/20, Institut Curie, Paris

24/11/19

Les objectifs de ce cours sont de fournir un  aperçu des mécanismes épigénétiques  et de  leurs liens avec la chromatine. Les différentes fonctions du noyau impliquant le génome et son organisation seront discutées en insistant sur les limites technologiques et les nouvelles approches expérimentales développées. Les liens entre la perte des fonctions du noyau et le développement de pathologies humaines seront présentés.

Le thème du Cours d'Epigénétique 2020 sera "Chimio-Biologie du Noyau".

Thèmes abordés :

Organizers: Geneviève Almouzni, Nathalie Dostatni

Selection based on applications. No registration fees are requested. Application deadline: 15/11/19

Information, programme and registration

SysBioCancer2019 : 2nd course on Computational Systems Biology of Cancer: Single Cell Analysis, 23-28/09/19, Institut Curie Paris

18/03/19

Course objective:

To improve interpretation and use of omics data that nowadays are accumulated in any biological or medical lab.  This year, the course will particularly focus on SysBio approaches for single cell data analysis. We will review current methods and tools for the analysis and interpretation of single cell data, along with concrete applications related to cancer. In particular, we will emphasize the role of single cell data research for understanding the heterogeneity of tumor.

Topics

More information and application

Application deadline: 20 June, 2019

4ème édition du cours "Mécanismes & Réseaux de Régulation Post-Transcriptionnelle", 15-14/04/19, Institut Curie, Paris

11/01/19

L'objectif du cours est de fournir un aperçu global des régulations post-transcriptionnelles de l’expression des gènes à différents niveaux, incluant l’épissage, la polyadénylation, les modifications (épitranscriptome), la localisation, la traduction et la dégradation des ARN (pré-)messagers.

Outre les cours donnés par des experts internationaux dans le domaine, le cours reposera aussi sur la contribution active des participants et leurs interactions avec les orateurs. Chaque participant présentera son projet scientifique (poster, elevator pitch) et sera co-chairman d’un orateur. En plus des longs temps de discussion après les séminiares, les participants auront l'opportunité de rencontrer les intervenants chaque jour autour de pauses cafés et d'un déjeuner.

En savoir plus

Formation à l'Institut Pasteur

>> Formations de l'Institut Pasteur à Paris et de l'Institut Pasteur à Lille

 

MOOC "Épigénétique" de l'Institut Pasteur, automne 2019

25/10/19

The life of a multicellular organism, including us, starts as a single cell with a unique genome. However, during development all the cells of our body inherit the same genome despite being so different among each other. This implies that additional information must be inherited in each different cell type to instruct their fate. Moreover, because during our existence the genome does not change, our life experience cannot be transmitted to the next generation by the genome.
Based on several observations in different model organisms in recent years, many biologists have been questioning the dogmatic view of the genome as being the only source of information transmitted through cell divisions and across generations. The discovery and the characterization of new types of information transmitted along with the genome is what we usually call epigenetics. The capability of transmitting information across individuals beyond their genes is quite revolutionary in biology and this is the reason why the field of epigenetics is still very controversial and deeply investigated by many scientists around the world.
Nonetheless, extensive research in the past years helped to reveal how our genome is organized in the nucleus and to characterize the different types of transient chemical modifications that regulate the activity of the genome in our cells. These chemical modifications that surround the genome, called epigenetic modifications, constitute one of the fundamental bases of the epigenetic process. In addition, other types of molecules, such as RNA, serve to transmit heritable information across cell divisions. Drawing on this knowledge, we are starting to appreciate how epigenetic information can have an influence on the development of multicellular organisms and how it can impact human health. Thus, the full understanding of the mechanisms regulating epigenetic processes will contribute to expand our notion of genetics, heritability, and diseases.
This course aims to provide a basic fundamental knowledge of what is considered to be epigenetics and wants to illustrate well characterized examples of epigenetic phenomena in many different model organisms. In addition, we will explain in detail the molecules that participate in the epigenetic inheritance and their mechanisms of action. Furthermore, we will discuss the implication of epigenetics in development, and how environmental experiences can change our life and the life of our progenies through epigenetic mechanisms. Finally, we will describe examples of diseases that are influenced by epigenetic mechanisms.

Ce MOOC est en anglais. Les vidéos sont sous-titrées en français et en anglais.

Plus d'information, English version on the website of FUN (France Université Numérique)

Clôture des inscriptions : 8/11/19 - Fin du cours : 6/01/20

Génétique de la souris, 8/01-13/02/20

8/07/19

Cours labellisé module d'école doctorale et UE de Master Paris-Sud.

Ce cours intensif de 5 semaines qui associe séminaires et travaux pratiques met l'accent sur l'analyse de la fonction des gènes à tous les niveaux : le gène et son produit, la cellule et ses interactions, les tissus de l’embryon et l’animal entier. Il propose un programme approfondi à des étudiants de master, des doctorants ou des biologistes ou médecins diplômés qui souhaitent travailler sur la génétique expérimentale ou médicale des mammifères.

La partie théorique de ce cours porte en particulier sur l'analyse génétique des caractères mendéliens et quantitatifs, l'analyse phénotypique des variants génétiques, la biologie embryonnaire précoce, les cellules souches pluripotentes, les mécanismes cellulaires et moléculaires contrôlant l'embryogenèse, les modèles d'étude des oncogènes et des gènes suppresseurs de tumeurs, les méthodes d'étude de la lignée cellulaire dans les embryons de souris, l'édition du génome et systèmes d'expression conditionnels pour les transgènes, les approches optogénétiques etle  rôle des petits ARN.

La  partie pratique présente des méthodes et techniques utilisées pour dériver des cellules souches pluripotentes induites (iPS) à partir de cellules différenciées, pour étudier des caractères comportementaux, pour analyser la fonction des gènes chez des embryons ou adultes mutants, pour cartographier des caractères mendéliens et pour identifier des QTLs. Elle illustre également l'utilisation de l'interférence à ARN pour éteindre l'expression des gènes.

Registration deadline 15/09/19 - cours en Anglais - More about this course

Biologie moléculaire de la cellule, 13/01-14/02/20

8/07/19

Cours labellisé module d'école doctorale et UE de Master Paris-Sud.

Ce cours intensif de conférences et travaux pratiques de quatre semaines est organisé en collaboration avec l'Institut Curie ; il est consacré à la présentation de concepts actuels et de nouvelles techniques expérimentales dans l'étude des fonctions cellulaires.

Les thématiques abordées comprennent l'organisation fonctionnelle de la cellule, la communication de la polarité et du trafic intracellulaire, la signalisation cellulaire, la migration cellulaire et l'invasion, les cellules souches, l'apoptose, l'autophagie, les interactions cellule-pathogène, le cycle cellulaire et la mitose.

Les travaux pratiques permettent de se familiariser à la culture de cellules transfectées et infectées, la reconstitution in vitro des fonctions cellulaires, l'inactivation des gènes et les techniques de pointe de l'imagerie en direct.

Unité d'enseignement du M2 Paris-Sud et module d'école doctorale

Registration deadline 8/09/19 - cours en Anglais - More about this course

Écoles thématiques, écoles d'été

InteRNAt, École thématique CNRS sur les petits ARN régulateurs, 6-10/1019, Sète

26/04/19

L'école thématique "InteRNAt", organisée par le CNRS du 6 au 10 octobre 2019, à Sète, offrira un enseignement de haut niveau sur cinq journées, à destination de la communauté scientifique, dans le domaine des petits ARN régulateurs.

Comme toutes les écoles thématiques du CNRS, InteRNAt propose une formation de haut niveau, à destination de la communauté scientifique (chercheurs statutaires, post-doctorants, …). Elle est ouverte prioritairement aux agents du CNRS, mais s’adresse également, dans la limite des places disponibles, aux agents des autres organismes, étudiants, entreprises privées, … À la différence d’un congrès classique, les conférences données dans le cadre d’une école thématique constituent un ensemble cohérent, progressif, un véritable enseignement qui doit être suivi dans son intégralité par les participants. Outre les conférences, des ateliers impliqueront une certaine interactivité avec les participants, et, à la marge, d’échanges plus informels favorisés par le format en résidentiel.

Les pré-inscriptions sont ouvertes du 20 mars au 7 juin 2019. Le nombre maximal de participants est fixé à 40 : le comité d'organisation sélectionnera les participants parmi les pré-inscrits. Les inscriptions finales seront ouvertes du 24 juin au 6 août 2019.

En savoir plus et se pré-inscrire

Date limite de pré-inscription : 7 juin 2019.

3ème École Thématique FieldEpiGen “Epigenetics for (Field) Ecologists”, 25-29/6/18, Perpignan

03/04/18

We know from standard theory and associated experiments that part of the response of populations in the field to altered environmental conditions rely on the availability of genetic variation, but it is also clear that epigenetic processes play a role, through their ability to modulate genome expression, and thus phenotypes. Such epigenetic processes are important for the accommodation of individuals to their current environment, but such effects sometimes persist across generations. In other words, some epigenetic effects appear to be inclusively heritable. A main issue is to explore the relative role of genetic and epigenetic processes in transgenerational responses. That epigenetic effects play a role within generations is undisputed. A highly controversial issue, however, is the subset of epigenetic processes that appear to be inclusively heritable from one generation to the next, and how such inheritance processes can contribute to adaptive walks in fitness landscapes. A principal issue is the low number of studies that feed solid data to this debate.
This CNRS funded summer school aims to provide training for those interested in using population epigenetics, starting with sampling and experimental strategies over experimental acquisition of data, and data analysis and eventually publication writing. It is anticipated to generate publication ready data during the school. The course will take place in the Mediterranean city of Perpignan providing an inspiring frame for sunny working days and late-night discussions over local beverages and cuisine.
Training will be provided by scientists with a strong background in the field and highest international reputation. Official languages are French and English.

With: Ronaldo Augusto, UPV ; Céline Cosseau, UPVD ; Patrice David, CNRS ; Christoph Grunau, UPVD ; Etienne Danchin, CNRS ; Marie Mirouze, IRD ; Oliver Rey, UPVD ; Koen Verhoeven, the Netherlands Institute of Ecology (Wageningen, Netherlands) ; Jeremie Vidal-Dupiol, Ifremer.

Program:

And…round table discussions on the beach, excursion to Banyuls

Price for participation (including tuition fees, accommodation and good food) is 150 € for PhD students, 300 € for ≥ PhD. 1500 € for non-academics.  The number of participants is limited to 40. For pre-inscription please send an email to:

 

before providing the following information:

Summer School "Bioinformatics and biostatistical tools in medical genomics", 24-28/06/19, Château'Form Seine Port (77)

16/05/19

La Summer School Genopole 2019 "Bioinformatics and biostatistical tools in medical genomics" est ouverte aux chercheurs, ingénieurs et doctorants déjà impliqués dans la recherche génomique et souhaitant approfondir leurs compétences dans les outils d'analyse.

La formation comporte des séminaires, des sessions pratiques et une table ronde animée par des experts et des leaders scientifiques internationaux de haut niveau.

Elle est organisée en mode résidentiel tout inclus durant 4 jours (formation, logement et repas) au campus Chateauform' Les Berges de Seine, en Seine et Marne.

Tarif doctorants et postdoctorants 900 € TTC les 4 jours.

Informations pratiques, programme et inscription

Deadline for pre-registration 31/05/19

2nd European Advanced School in Mouse Phenogenomics, 12-16/06/17, Château du Liebfrauenberg, Alsace

08/02/17

The PHENOMIN’s summer school dedicated to functional genomics in mouse model opens registration is:

The target audience consists of engineers and/or researchers who directly or indirectly use mouse as animal model for scientific research. Both industrial and academic researchers, postdocs and PhDs from all Europe are encouraged to attend this school. 24 experts from European landscape of the mouse phenogenomics field.

PhD applicants: 360€ // Applicants from governmental institutions: 600€ // Applicants from private institutions or companies: 1680€.

Deadline for application : April 28th 2017 (Early-bird dead line March 31st 2017)

More informations and registration

Summer school du LabEx TULIP "Biological interactions from genes to ecosystems", 15-21/07, Pic du Midi de Bigorre

31/03/17

TULIP has been organizing his sixth international Summer school “Biological interactions from genes to ecosystems” (15-21 July 2017). This Summer school in integrative Ecology and Biology is part of the training program of the TULIP LabEx (Laboratory of Excellence) and takes place in the French Pyrenees at the foot of the Pic du Midi de Bigorre.

Our main target audience includes Master and PhD students, as well as post-doctoral researchers. Through plenary lectures and team workshops, the program will cover all aspects of interactions among organisms in an ecological as well as a biological point of view (genetic, molecular, physiological, evolutionary and ecological aspects of interactions among organisms and between organisms and their environments, in microbial, plant and animal biology).

Selected students will have the opportunity to:

Accommodation and stay are provided to all participants. We can welcome up to 25 undergraduate, graduate and post-docs students. The participants only have to pay for the travel expenses to Toulouse.

Applications are opened until April 11th, 2017.

For more information

PhD summer school :"Host-microbe symbioses: form functional to ecological prespectives, 9-21/07, Instituto Gulbenkian de Ciência, Lisbon

8/03/17

In the Summer School “Host-microbe symbioses: from functional to ecological perspectives” we will explore stable host-microbe interactions as a spectrum from parasitic to mutualistic. Animals and plants live together and establish stable interactions with a large number of symbiotic microbes. These microbes largely influence the physiology of the host, from nutrition to behavior. Although many microbes are deleterious to the hosts and cause disease (pathogens), most are actually neutral or even beneficial (commensals and mutualists). The study of the biology of animals and plants, from functional to evolutionary perspectives, has to take into account their set of microbial symbionts. The course will explore this field with leading scientists that bring a broad range of expertise and approaches. The Summer School will be targeted at second or later years PhD students. The main aim of this meeting is to help them define their future research interests.

The course will last two weeks (from July 9-21, 2017), and will consist in general lectures, research seminars and development of a project research proposal. The students will have close contact with leading scientists on host-microbe symbiosis. The Summer School will take place in Instituto Gulbenkian de Ciência in Portugal. The IGC has approximately 30 research groups in diverse areas of biology. Many of these groups work on topics related with host-microbe symbiosis. IGC has a long tradition in postgraduate education and has run several innovative and successful PhD programmes for the last 20 years. The institute is located in Oeiras, by the sea, and 20 minutes away from Lisbon by train.

This summer school is supported by Fundação Calouste Gulbenkian, Wissenschaftskolleg zu Berlin and VolkswagenStiftung.

Deadline for registration: 20/03/17.

Information and registration

Formations programmées par des organismes de recherche : Inserm, CNRS, Inra...

Ateliers de l'Inserm

23/12/15

Pour les doctorants, post-doctorants et Master 2, les frais d'inscription aux sessions théoriques sont de 160 € (hors frais d'hébergement).

Contacts :

Module "Biologie expérimentale animale et Modélisation prédictive", 13-17/03/17, Inra Jouy-en-Josas

27/01/17

Corinne Cotinot (UMR BDR, Inra-ENVA et UMR GABI, INRA AgroParisTech) organise un module d'enseignement "Biologie expérimentale animale et Modélisation prédictive" sur le centre Inra de Jouy-en-Josas du lundi 13 au vendredi 17 mars 2017.

Ce module a pour objectif d’apporter des éléments de connaissance et de réflexion sur des thèmes majeurs de la biologie expérimentale animale et de la biologie prédictive. Il aborde sous forme de séminaire l’évolution des relations homme-animal, la sélection des animaux d’élevage par la prédiction génétique, les enjeux associés à la biodiversité et aussi les nouvelles possibilités offertes par l’édition des génomes animaux, il fera également une mise à jour de la réglementation en vigueur en matière d’expérimentation animale.
Ensuite seront abordés le développement et l’utilisation de biomarqueurs prédictifs (ARN non codants, miARNs, exosomes, marques épigénétiques, microbiome, télémétrie) chez l’homme et l’animal.
Enfin une journée sera consacrée à des présentations sur l’intégration des données hétérogènes, la modélisation, la biologie des systèmes et les questionnements éthiques et juridiques soulevés par la biologie prédictive.
Ces séminaires seront complétés par un atelier créatif de prospective critique qui a vocation à faire réfléchir les étudiants sur les thématiques abordées, à se projeter dans le futur et à produire des supports qui susciteront la discussion et le débat sur ces thèmes. Un débat sera organisé lors de la restitution de l’atelier.

Les oratrices et orateurs sont issus des Universités Paris-Sud, Versailles Saint Quentin et Evry, d’AgroParisTech, de l’ENVA, de l’INRA, du CNRS

Langue de la formation : français.

Télécharger le programme.

École de bioinformatique AVIESAN, 3-8/11/19

12/04/19

L’Institut thématique multi-organismes génétique, génomique et bioinformatique (IGGB)de l’Alliance nationale pour les sciences de la vie et de la santé (AVIESAN) co-organise avec l'Institut français de bioinformatique, une formation dédiée à l'initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit, du 3 au 8 novembre à Roscoff.

La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, une ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies “long reads”.

Information, programme et inscription

Date limite d'inscription: 31 mai 2019.

Formation à l'Analyse de génomes bactériens via la plate-forme MicroScope, 25-29/09/17, Évry

4/08/17

L'équipe LABGeM du Genoscope organise régulièrement des formations dédiées à l'analyse de génomes bactériens via l'utilisation de la plate-forme MicroScope.

Les prochaines formations «Annotation and analysis of prokaryotic genomes using the MicroScope platform» auront lieu sur 4,5 jours à Évry, du 25 au 29 septembre 2017 et du 12 au 16 mars 2018.

Les objectifs de cette formation sont de permettre aux participants de :

Chaque session est composée pour moitié de théorie et pour moitié de travaux pratiques. Durant la formation, les participants ont la possibilité de travailler sur leurs propres données pendant les travaux pratiques. Elle concerne aussi bien les personnes ayant déjà un projet d'annotation sur cette plate-forme et souhaitant approfondir son utilisation, qu'à celles souhaitant s'initier à la génomique microbienne.

En complément, si vous êtes utilisateur de la plate-forme MicroScope et que vous avez déjà suivi une formation MicroScope, la plateforme propose la formation "Plate-forme MicroScope - cours avancé ». En effet, la plate-forme MicroScope étant en constante évolution, elle vous propose de mettre à jour vos connaissances sur ses dernières évolutions et d'approfondir certaines de ses fonctionnalités majeures.

Cette formation permettra donc de consolider votre utilisation de la plate-forme mais également d'aller plus loin :

Elle aura lieu sur 2 jours à Évry les 4 et 5 décembre 2017.

Pour plus d'information et pour s'inscrire

Des collaborateurs de l'Université d'Évry-Val d'Essonne en charge de l'organisation de la formation prendront ensuite contact avec vous afin de vous transmettre le devis, ainsi que la convention de formation.

Formations à l'Institut de Formation Supérieure BioMédicale (IFSBM) et "Label Réseau"

2015

L'Institut de Formation Supérieure BioMédicale (IFSBM) est un pôle de formation par la recherche au centre d'un réseau de 75 laboratoires.  L’IFSBM est reconnu comme formation d'excellence par le CNRS, l'INSERM, le CEA, l'Institut Pasteur et l'Université Paris-Sud. Il est installé à l'Institut Gustave-Roussy (Villejuif) et à proximité de la Faculté de Médecine de Paris-Sud (Le Kremlin-Bicêtre) : un environnement où médecine et biologie sont en étroite symbiose.

L'objectif de l'IFSBM est d'apporter à des étudiants (notamment des ingénieurs) ayant déjà accompli un excellent cursus, une formation complémentaire dans le domaine des Sciences de la Vie et de créer ainsi les conditions d'une insertion professionnelle future réussie dans les industries des secteurs biomédical, biotechnologique et pharmaceutique.

L'IFSBM et l'IGR ouvrent des cours sur les thèmes suivants : Bases de biologie moléculaire (BIO-B), Régulation cellulaire (BIO-C), Introduction aux Neurosciences, Thérapeutique anti tumorale : du concept à la mise en oeuvre, et Imagerie Médicale.

Renseignements auprès de M. Aurelio Zerial et sur le site de l'IFSBM à Villejuif

Téléchargement de la plaquette des cours 2019

Le réseau des écoles doctorales et les formations "Label Réseau"

L’IFSBM assure également la gestion et le soutien logistique du Réseau National d’Ecoles Doctorales, qui a pour but principal de faire bénéficier les doctorants des formations organisées par chaque école du Réseau.

Dans le cadre du Réseau regroupant 21 écoles, les doctorants peuvent suivre des formations organisées par des écoles autres que leur école d'appartenance (formations "distantes"). Environ 200 formations - très spécialisées ou de caractère général - sont proposées. Les doctorants ayant choisi une formation distante peuvent demander un remboursement de frais de voyage et de séjour.

Toute inscription sera subordonnée à l'accord de la direction de l'ED.

Voir le site du réseau.

Renseignements auprès de M. Aurelio Zerial.

Module "Débuter dans le Monde de la Santé", 18-20/03/19, IGR Villejuif

4/12/18

Il reste quelques places gratuites pour les doctorants du Réseau dans le module IFSBM qui se déroulera les 18, 19 et 20 mars 2019 à l’institut Gustave Roussy à Villejuif, Bâtiment de Médecine Moléculaire. Les objectifs du module sont de :

Téléchargement du programme.

Les personnes intéressées doivent s'inscrire rapidement auprès de Mme Marylene HEURTAUT.

Modules IFSBM "Big Data Moléculaire et son traitement" 21-23/01/19 et "Big Data et Modèles prédictifs", 23-25/01/19, Institut Gustave Roussy, Villejuif

19/11/18

Les modules "Cancer et génomique: de la bioinformatique aux applications en oncologie challenges et réalisations une médecine de précision" organisés par le Daniel Gautheret (Paris-Sud), Loïc Verlingue (Gustave Roussy) et Gaëlle Lelandais (Paris-Sud) se tiendront en janvier 2019, sur le site de Gustave Roussy, à Villejuif.

Objectif des modules :

 

 Les personnes intéressées doivent s'inscrire auprès de Mme Marylene HEURTAUT.

Se former à l'étranger

Cours EMBO

Voir la programmation complète

Cours EMBO "FISHing for RNAs: Classical to Single Molecule Approaches", Heidelberg, 15-20/03/20

25/10/19

Over the past decades it became evident that a RNA transcripts specific amount and localisation are important in order to understand the biological function of its (non-) coding gene. Whereby state-of-the-art in situ hybridisation (ISH) technologies are key to visualise these RNAs in a given tissue or cell. This course aims to highlight three powerful RNA visualisation techniques in histological tissue samples. During this course the participants will learn to validate the cellular localisation of candidate genes from transcriptome studies through conventional ISH and, the more recent cutting-edge, smFISH (Single Molecule Fluorescent ISH) and HCR-ISH (Hybridization Chain Reaction), based RNA ISH hybridisation methods. Additionally, the course will also cover essential tissue embedding protocols that are adapted for use in visually interrogating RNA transcripts in mammalian tissues.

This course is directed to early stage scientists (PhD and Postdocs) from the fields of RNA and molecular biology as well as various fields with an interest in these methodologies.

Application deadline: 7 Jan 2020

More information and registration

EMBO-FEBS Lecture Course "The new microbiology", 4-12/09/19, Spetses Island, Greece

12/04/19

Spetses Summer courses are well known for covering various specialized topics within the general fields of molecular and cell biology and also microbiology. This latter field has witnessed a real renaissance in the last twenty years and in this particular FEBS/EMBO Lecture Course with support of IUBMB, we intend to cover different aspects of ‘the New Microbiology’, including bacterial diversity, microbial communities/microbiotas, symbiosis, biofilms, small RNAs or bacterial pathogens.

Abstract submission and registration deadline: 20 April

More information and registration

EMBO practical course: Bioinformatics and genome analysis, 5-17/06/17, Thessalonica Greece

27/02/17

This EMBO Practical Course will cover a range of genome analyses and their fundamental elements.

The first principal theme of the course is comparative genomics, covering genome analysis and exploration, pair-wise comparisons of genomes, comparisons of multiple genomes, evolutionary inferences (orthologs, paralogs and their classification).

The second principal theme of the course is related to Next-Generation Sequencing, including algorithms, methods, sequence mapping tools, data analyses and applications. Integration of genomic and genetic data in the context of Next Generation Sequencing and their applications in human diseases.

The main objectives of this EMBO Practical Course are to strengthen skills of students in genomics and bioinformatics on the use of algorithms, key software, statistical and visualization methods and their various applications in genome studies.

The course program is designed to provide a solid theory class followed by practical sessions on each topic, where the same speaker will deliver at least one half-day course of theory and practice.

Students will obtain the dexterity to manipulate large data sets in a Unix environment and a basic understanding of scripting and programming skills.

Students are assumed to be familiar with the Unix environment.

Similar course programs and organizations can be found at this link:

This practical course is aimed at motivated PhD students and young researchers from academic Institutions with a background in Mathematics, Statistics, Computing and/or Biology who are involved in Bioinformatics and Genome Analyses projects.

This EMBO Practical Course is intense; therefore active participation is expected from the students.

Registration deadline and abstract deadline: 31/03/17

Cours de la FEBS, Federation of European Biochemical Societies

3/12/18

Explore the FEBS Advanced Courses Programme 2019! Course summaries will be gradually added over the coming weeks, and links to the website for each event will be given once these open.

FEBS Youth Travel Fund grants will be available for each course to assist participation of early-career scientists.