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Formations scientifiques des Masters 2 de l'Université Paris-Saclay

26/10/20

L'ED SDSV encourage fortement les doctorants à compléter leur formation initiale en suivant les cours dispensés par les masters de l'Univeristé Paris-Saclay.

Pour intégrer une formation, le doctorant contactera le responsable d'enseignement afin de s'assurer qu'il peut y être accueilli.Les enseignements de Master2 suivants s'inscrivent tout particulièrement dans le champ thématique de l'ED SDSV :

1- Dans le Master Biologie Santé

> M2 Génétique, génomes et évolution (GENE2)

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Focus sur :

> M2 Biologie cellulaire et développement / Gene Cell Development (GCD)

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> M2 Microbiologie Fondamentale (MF)

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Focus sur :

> M2 Signalisation cellulaire et Neurosciences intégratives

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> M2 Cancérologie

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2- Dans le Master Biologie Intégrative et Physiologie

> M2 Systems & synthetic biologie BS

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> M2 Biodiversité, Génomique et Environnement BEE

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> M2 Plant Science (ScV)

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3- Dans le Master Bioinformatique

> M2 Biologie Computationnelle - Analyse, Modélisation et Ingénierie de l'Information Biologique et Médicale (AMI2B)

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UE Modélisation statistique pour les doctorants ABIES, SDSV, SEVE et FdV : 19 mars, 29 mars-2 avril et 3-7 mai 2021

15/12/20

Ce module est destiné aux DOCTORANTS et/ou CHERCHEURS en Biologie ayant déjà suivi, au cours de leur cursus universitaire, une formation théorique en biostatistiques, mais qui se retrouvent aujourd'hui confrontés à des problèmes d'analyse de données. Les objectifs de ce module sont :

  1. Apprendre à identifier dans un problème biologique la ou les questions auxquelles on peut répondre par une démarche probabiliste, et à écrire un modèle statistique.
  2. Aider par la pratique les participants confrontés pour la première fois à un jeu de données réelles et complexes.

 II se déroule en trois temps:

Le module est organisé par des enseignants-chercheurs de l'Université Paris-Saclay et AgroParisTech et des chercheurs des écoles doctorales ABIES, SDSV, SEVE (ex-SDV) et FIRE (ex-FdV). Il est demandé aux participants d'arriver avec un jeu de données à analyser. Les participants présenteront leur données et les questions associées lors de la journée de présentation. Des cours accompagnés de TD sur des techniques de modélisation assez générales seront dispensés pendant la première semaine. Un temps sera réservé pour une première approche de modélisation sur les données des participants.

Pendant la deuxième semaine quelques cours plus en lien avec les problèmes spécifiques des participants seront présentés et un temps plus long sera dédié aux problèmes de modélisation des participants. Le fruit de ces réflexions sera restitué la dernière journée.

La présentation des projets se fera en distantiel par visioconférence. Si la situation sanitaire le permet, tous les cours se dérouleront sur le site parisien d'AgroParisTech au 16 de la rue Claude Bernard, 75005 à Paris.

Les cours seront en français, sauf demande spécifique.

Information et inscription en ligne obligatoire avant le 28 février 2021.

MOOC "Introduction à la statistique avec R "

octobre 2020

Organisé par Bruno Falissard, Pr de biostatistique à l'Université Paris-Saclay, et Christophe Lalanne, Ingénieur à l'Université Paris-Diderot), ce cours s’adresse aux étudiants et praticiens de toutes disciplines qui recherchent une formation pratique. Il sera utile à toute personne ayant le besoin d’analyser un jeu de données réel dans le cadre d’un enseignement, de son activité professionnelle ou de recherche, ou par simple curiosité d’analyser un jeu de données par soi-même (données du web, données publiques…).

Le cours s’appuie sur le logiciel libre R qui est un des logiciels de statistique les plus puissants disponibles actuellement.

Les méthodes abordées sont : les techniques descriptives, les tests, l’analyse de variance, les modèles de régression linéaire et logistique, les données censurées (de survie).

Voir le site sur FUN (France Université Numérique)

Cours terminé pour la session 2020

Formations à l'Institut de Formation Supérieure BioMédicale (IFSBM)

19/10/20

L'Institut de Formation Supérieure BioMédicale (IFSBM) est un pôle de formation par la recherche au centre d'un réseau de 75 laboratoires.  L’IFSBM est reconnu comme formation d'excellence par le CNRS, l'INSERM, le CEA, l'Institut Pasteur et l'Université Paris-Saclay. Il est installé à l'Institut Gustave-Roussy (Villejuif) et à proximité de la Faculté de Médecine de Paris-Saclay (Le Kremlin-Bicêtre) : un environnement où médecine et biologie sont en étroite symbiose.

L'objectif de l'IFSBM est d'apporter à des étudiants (notamment des ingénieurs) ayant déjà accompli un excellent cursus, une formation complémentaire dans le domaine des Sciences de la Vie et de créer ainsi les conditions d'une insertion professionnelle future réussie dans les industries des secteurs biomédical, biotechnologique et pharmaceutiqu.

La formation IFSBM peut compléter votre formation doctorale – elle est proposée sur le site de Gustave Roussy et dépend de l’Université Paris-Saclay. Elle s’effectue de la 1ère à la 3ème année de thèse à hauteur de 3 modules de 3jours/ ans – la formation est dispensée en français.  

Voir le programme complet des cours de l'IFSBM et de l'IGR. On notera les cours suivants :

Contact :

EUGLOH Summer School on Large-Scale Facilities for Global Health, 29/06-2/07/20, ONLINE

27/05/20

Large-scale facilities offer unique opportunities to explore materials and living matter. It is sometimes difficult to grasp to what extent these facilities can be valuable to solve scientific issues related to global health. With this in mind, the EUGLOH Alliance is organizing a 4-day intensive course on large-scale facilities (SOLEIL synchrotron, MAX IV synchrotron and ELI-ALPS laser centre) to raise awareness of students and staff on the possibilities of facilities that contribute to the European research landscape. In depth overview of career opportunities, operations, techniques and applications (biomedical and environmental) of these light sources will be given. The last two days of the school will be dedicated to practical sessions to apply for beamtime allocation.

Aimed at students (from undergraduates to PhDs), postdoctoral and senior scientists from the five EUGLOH universities, hosted by Université Paris-Saclay.

Information and registration

Formations scientifiques hors de l'Université Paris-Saclay, en Île-de-France, en région et à l'étranger

 

>>> Enseignements MNHN, Institut Curie, Institut Pasteur, Collège de France - DU et DIU - écoles d'été et écoles thématiques - formations à l'étranger - formations organisées par des organismes de recherche (CNRS, Inserm, INRAE...) - L'IFSBM et le réseau des écoles doctorales.

 

Formations diplômantes : DU et DIU

Diplôme universitaire "Biologie de l'Évolution et Médecine", Université Lyon 1

8/07/19

Ce diplôme s’adresse à tous les professionnels de la santé humaine et animale et des sciences de la vie, ainsi qu'aux étudiants (4ème année validée) et, par extension, à tous les passionnés des sciences de l'évolution.

La découverte de l’importance des microbiotes, l’antibiorésistance, les nouvelles pratiques obstétricales, l’augmentation de prévalence des maladies psychiatriques, l’épidémie d’obésité, les viroses émergentes, les nouvelles pressions démographiques et environnementales, et tant d’autres sujets d’actualité, rendent nécessaires l’introduction d’une réflexion évolutionniste en pratique clinique.

Partant du constat que les sciences de l’évolution ne sont pas encore enseignées en faculté de médecine, l’Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL1) et le laboratoire d’excellence (Labex) ECOFECT ont décidé d’assurer conjointement le haut-patronage de ce diplôme qui est le premier de ce type en Europe.

C'est la première fois qu’un enseignement de biologie de l’évolution est intégré dans le cursus des études médicales. Il illustre le travail de pionnier du LabEx Ecofect. L’objectif est de replacer l’infectiologie et d’autres disciplines médicales dans le cadre plus large de l’écologie et de l’évolution. Intégrer le raisonnement évolutionniste dans la formation initiale et continue des médecins, chercheurs, praticiens et cliniciens en santé humaine ou animale, devrait conduire à ouvrir de nouvelles voies de prévention, de diagnostic et de traitements. Pour cet enseignement, vingt-cinq intervenants ont été sollicités parmi les meilleurs chercheurs au niveau national et international : médecins, biologistes de l’évolution, philosophes, épistémologistes, méthodologistes – qui ont tous accepté avec enthousiasme.

Nous aurons ainsi à Lyon les premiers praticiens formés en France à la biologie de l’évolution.

Ce D.U. est sous la responsabilité de Gérard Lina (PU-PH à UCBL1 et CIRI), Luc Perino (Médecin, essayiste) et Dominique Pontier (PU - UCBL1, CNRS - UMR 5558, codirectrice Ecofect), tous les trois membres du LabEx Ecofect.

Voir le site du DU BEM

Inscription entre le 24 août et le 11 novembre.

Enseignements du MNHN

Module sciences participatives 25 au 29 janvier 2021

4/12/20

Les sciences et recherches participatives peuvent être définies comme des formes de production de connaissances scientifiques auxquelles participent - avec des chercheurs - des acteurs de la société civile, de façon active et délibérée. Les objectifs de cet enseignement seront :

  1. de caractériser les sciences et recherches participatives en embrassant la diversité des disciplines concernées et des approches existantes ;
  2. d’apporter aux étudiants des outils théoriques et méthodologiques pour la mise en place de recherches participatives.

Le cours est destiné aux étudiants en master, doctorants, chercheurs, ingénieurs, médiateurs scientifiques

La formation doit avoir un lien avec le projet professionnel et/ou personnel de l'apprenant et/ou sa formation. Les compétences visées sont de :

Les thèmes abordés sont : sciences participatives, relations sciences-société, méthodologies éthiques, sciences naturelles, et le programme comporte 3 phases :

  1. Panorama de la diversité des disciplines : écologie, astronomie, sciences de l'environnement, linguistique, muséologie, anthropologie, géologie, préhistoire, etc.
  2. Enjeux des recherches participatives : questions éthiques et motivations des parties prenantes - Partage de connaissances, appui au processus de décision, récolte de données, empowerment des populations locales, sensibilisation du public, production de connaissances.
  3. Impact sociétal - Sur le métier de chercheur, sur les participants, reconfiguration des relations science société, prise en compte des résultats par la société.

Intervention sous forme de conférences, travaux dirigés et travaux pratiques. Echanges avec les participants.

La formation se déroule en présentiel au Jardin des Plantes dans le Grand amphithéâtre d’entomologie. Des ressources pédagogiques pourront être mises à disposition des apprenants sur la plateforme d'enseignement à distance du Muséum.

Les responsables scientifiques sont :

Inscription jusqu'au 4 janvier 2021 (150€ pour les étudiants et les doctorants hors Sorbonne université, 600 € pour les salariés du public).

Obtenir des informations supplémentaires

 

Module MNHN "Épigénétique et Fonctionnement Cellulaire", 14-16/09/2021

29/01/20 - Actualisation 28/09/21

Dans le cadre des enseignements de l'ED 227 "Sciences de la nature et de l'Homme : évolution et écologie" du Muséum National d'Histoire Naturelle le module "Épigénétique et Fonctionnement Cellulaire" se déroulera du 14 au 16 septembre 2021 à la bibliothèque du Laboratoire de physiologie au 7 rue Cuvier Paris 5e

Programme

Pour les inscriptions et pour toute information, veuillez contacter par email :

Date-limite d'inscription : 7/09.

Cours au Collège de France

Par convention, les enseignements, séminaires, colloques et conférences organisés tout au long de l’année par l’ensemble des chaires au Collège de France peuvent être inclus dans les heures de formation des doctorants de l'ED.

Ces enseignements sont différents tous les ans et peuvent donc être suivis plusieurs années de suite. On consultera le site du Collège de France pour connaître le programme des enseignements et des colloques, et retrouver les vidéos des cours.

Pour faire vaider un enseignement : le correspondant « École doctorale » du Collège de France établit une fiche nominative de suivi de cours qui sera envoyée par courriel à l'école doctorale et/ou au doctorant ; le doctorant doit se présenter au professeur au premier et au dernier cours, afin de lui faire signer le document ; à la fin de la session de cours, l'étudiant doit faire parvenir la fiche de suivi de cours signée, au secrétariat de son école doctorale.

L'étudiant est seul responsable de sa fiche de suivi de cours et de son acheminement auprès du secrétariat de l'école doctorale pour validation en unités d'enseignement.

Les cours et séminaires sont gratuits, en accès libre, sans inscription préalable.

Confinement : afin de maintenir la continuité des activités d’enseignement malgré les contraintes actuelles, les cours des professeurs et séminaires prévus pendant cette période auront lieu à huis clos aux jours annoncés dans notre agenda. Leur enregistrement sera ensuite rendu disponible sur le site internet du Collège de France dans les meilleurs délais.

 

Chaire internationale "Évolution des génomes et développement" - Denis Duboule

17/10/20

Denis Duboule a programmé son cours 2020-2021 sur : "Régulation des gènes du développement et syndromes génétiques : mécanismes, contraintes et atavismes".

Le premier cours se tiendra le 4 mai 2021 dans l'amphithéâtre Guillaume Budé - Marcelin Berthelot.

Voir le programme des cours

Le colloque de fin de programme "Contraintes et plasticité du développement et de l'évolution" se tiendra les 3 et 4 juin 2021.

Chaire annuelle "Biodiversité et écosystème" - Chris Bowler

25/01/21

La chaire annuelle "Biodiversité et écosystème", créée avec le soutien de la Fondation Jean-François & Marie-Laure de Clermont-Tonnerre, a été attribuée à Chris Bowler, directeur de recherche au CNRS et directeur du laboratoire de génomique des plantes et des algues à l'Institut de biologie de l'École normale supérieure à Paris.

Le cours 2020-2021 de Chris Bowler a pour thème : "La biodiversité et les écosystèmes à travers le temps et l'espace". Le premier cours aura lieu le 24 février 2021 à 17h30 dans l'amphithéâtre Maurice Halbwachs - Marcelin Berthelot.

La leçon inaugurale du professeur Chris Bowler se tiendra à huis clos au Collège de France en raison du protocole sanitaire toujours en vigueur, le jeudi 4 février 2021 à 18 heures. L'événement sera retransmis en direct sur le site du Collège de France.

Le colloque de fin de programme "Ecological Principles Underlying Ecosystem Function on Land and in the Ocean" se tiendra le 7 mai 2021.

Chaire "Neurobiologie et immunité" - Sonia Garel

17/10/20

Sonia Garel est neurobiologiste et dirige l’équipe Développement et plasticité du cerveau ŕ l’institut de biologie de l’École normale supérieure ŕ Paris. Elle inaugure la chaire "Neurobiologie et immunité" avec une leçon programmée le 4 mars intitulée "Système immunitaire et dynamique du cerveau", en amphithéâtre Marguerite de Navarre - Marcelin Berthelot.

Le cours 2020-2021 de Sonia Garel a pour thème : "Les cellules immunitaires du cerveau : origines, fonctions et implications dans les maladies neurodégénératives".

Le premier cours aura lieu le 9 mars 2021 dans l'amphithéâtre Maurice Halbwachs - Marcelin Berthelot.

Voir le programme du cours

Le colloque de fin de programme "Microglia in the Diversity of Brain Macrophages: from Development to Function" se teindra le 28 mai 2021.

Chaire "Dynamiques du vivant" - Thomas Lecuit

17/10/20

Le cours 2020-2021 de Thomas Lecuit a pour thème : "Taille, croissance et organisation cellulaires".

Le premier cours de Thomas Lecuit aura lieu le 17 novembre 2020 à 10h00 dans l'amphithéâtre Guillaume Budé - Marcelin Berthelot.

Voir le programme des cours

Le colloque de fin de programme "Contraintes et plasticité du développement et de l'évolution" se tiendra les 3 et 4 juin 2021.

Chaire "Épigénétique et mémoire cellulaire" - Edith Heard

17/10/20

Le cours 2020-2021 d'Edith Heard a pour thème : "Mémoire cellulaire au cours de la vie".

Le premier cours d'Edith Heard aura lieu le 1er mars 2021 à 10h00 dans l'amphithéâtre Maurice Halbwachs - Marcelin Berthelot.

Voir le programme des cours

Le colloque de fin de programme "Mémoire cellulaire au cours de la vie" aura lieu le 14 juin 2021 de 9 h à 17 h - Amphithéâtre Maurice Halbwachs. Ouvert au public, en demi-jauge, dans la limite des places disponibles.

Voir le programme des exposés.

Chaire "Oncologie cellulaire et moléculaire" - Hugues de Thé

17/10/20

Pas de cours en 2020-2021

Le colloque "Cancer et immunité" aura lieu les 20 et 22 mai 2021.

Chaire "Génomique humaine et évolution" - Lluis Qintana-Murci

17/10/20

En prolongation du cours 2019-2020, Lluis Quintana-Murci programme son cours 2020-2021 sur le thème "Évolution humaine et génétique des populations".

Le premier cours aura lieu le 12 mars 2021 dans l'amphithéâtre Marguerite de Navarre - Marcelin Berthelot.

Voir le programme du cours

Le colloque de fin de programme "Genetic admixture: inference and evolutonary consequences" se tiendra les 31 mai et 1er juin 2021.

 

Chaire de "Chimie des processus biologiques" - Marc Fontecave

17/10/20

Le cours 2020-2021 de Marc Fontecave a pour thème : "Chimie biologique : tendances en enzymologie".

Le premier cours aura lieu le 4 novembre en salle 5 - Marcelin Berthelot.

Voir le programme des cours

Le colloque de fin de programme "La chimie bioinorganique à Paris" se tiendra le 3 février 2021.

Formation à l'Institut Curie

10th course "Non-coding genome", 3/02-10/02/21, Institut Curie, Paris

12/10/20 et 4/12/20

Génome non codant : ARN non codants acteurs majeurs de l’homéostasie cellulaire, de la réponse au stress et des maladies

Ce cours explorera la diversité des éléments d'ADN non géniques et des ARN non codants dans un large spectre de processus cellulaires, chez l'homme et les organismes modèles, ainsi que leur implication dans la physiologie et la pathologie. Des experts de renommée internationale présenteront leurs dernières découvertes relatives à l'identification et à la caractérisation fonctionnelle du génome non codant et discuteront de nouveaux concepts en matière de régulation et d'évolution du génome, en mettant l'accent sur les outils expérimentaux et informatiques. Les sessions thématiques incluront des ARN non codants longs et petits, des éléments transposables, des répétitions d'ADN structurel et des éléments régulateurs non codants. Ce cours offrira aux jeunes étudiants et aux chercheurs l’occasion d’élargir leurs connaissances et de discuter de leurs travaux avec une communauté scientifique internationale dans un environnement chaleureux et stimulant de l’Institut Curie à Paris.

Thèmes abordés :

Organizers: S. Diederichs, A. Morillon, M. Pinskaya.

Merci de prendre note que le cours peut basculer en mode virtuel en temps réel à tout moment afin de respecter les directives de santé publique.

Selection upon basis of applications (CV, motivation letter, references). No registration fees are requested.

Application deadline: 31/12/20.

Information, programme and registration

 

10ème cours "Développement & Cancer", 1-412/20, Institut Curie, Paris

12/10/20

Le cours est dédié aux connaissances les plus actuelles articulant la biologie du développement et l'étude cellulaire et moléculaire des cancers. Les crêtes neurales et les mélanomes, depuis leur formation jusqu'à leur migration (métastases), ainsi que les médulloblastomes sont pris comme exemples. Le cours bénéficie d'une approche multidisciplinaire à multiples échelles (embryologie sur des modèles variés, biologie cellulaire, transcriptomique, imagerie...). Il se termine par des présentations des approches thérapeutiques.

Le cours est ponctué par des tables rondes sur les carrières dans le milieu académique, sur les publications des articles scientifiques ainsi que sur l'éthique en expérimentation animale. A l'occasion de cette dixième session, d'anciens étudiants du M2 GCD de Paris-Saclay viendront présenter leur parcours. Des sessions posters de doctorants sont également organisés et des prix pour les meilleurs posters seront décernés.

Thèmes abordés :

Organisateurs : Anne-Hélène MONSORO-BURQ, Patrick PLA Simon SAULE, Institut Curie, FR

Date-limite d'inscription : 27/11/20

Information, programme and registration

16th course on Epigenetics: "Chimio-Biologie du Noyau", 18-25/03/20, Institut Curie, Paris

24/11/19

Les objectifs de ce cours sont de fournir un  aperçu des mécanismes épigénétiques  et de  leurs liens avec la chromatine. Les différentes fonctions du noyau impliquant le génome et son organisation seront discutées en insistant sur les limites technologiques et les nouvelles approches expérimentales développées. Les liens entre la perte des fonctions du noyau et le développement de pathologies humaines seront présentés.

Le thème du Cours d'Epigénétique 2020 sera "Chimio-Biologie du Noyau".

Thèmes abordés :

Organizers: Geneviève Almouzni, Nathalie Dostatni

Selection based on applications. No registration fees are requested. Application deadline: 15/11/19

Information, programme and registration

SysBioCancer2019 : 2nd course on Computational Systems Biology of Cancer: Single Cell Analysis, 23-28/09/19, Institut Curie Paris

18/03/19

Course objective:

To improve interpretation and use of omics data that nowadays are accumulated in any biological or medical lab.  This year, the course will particularly focus on SysBio approaches for single cell data analysis. We will review current methods and tools for the analysis and interpretation of single cell data, along with concrete applications related to cancer. In particular, we will emphasize the role of single cell data research for understanding the heterogeneity of tumor.

Topics

More information and application

Application deadline: 20 June, 2019

4ème édition du cours "Mécanismes & Réseaux de Régulation Post-Transcriptionnelle", 15-14/04/19, Institut Curie, Paris

11/01/19

L'objectif du cours est de fournir un aperçu global des régulations post-transcriptionnelles de l’expression des gènes à différents niveaux, incluant l’épissage, la polyadénylation, les modifications (épitranscriptome), la localisation, la traduction et la dégradation des ARN (pré-)messagers.

Outre les cours donnés par des experts internationaux dans le domaine, le cours reposera aussi sur la contribution active des participants et leurs interactions avec les orateurs. Chaque participant présentera son projet scientifique (poster, elevator pitch) et sera co-chairman d’un orateur. En plus des longs temps de discussion après les séminiares, les participants auront l'opportunité de rencontrer les intervenants chaque jour autour de pauses cafés et d'un déjeuner.

En savoir plus

Formation à l'Institut Pasteur

>> Formations de l'Institut Pasteur à Paris et de l'Institut Pasteur à Lille

 

MOOC "Épigénétique" de l'Institut Pasteur, automne 2019

25/10/19

The life of a multicellular organism, including us, starts as a single cell with a unique genome. However, during development all the cells of our body inherit the same genome despite being so different among each other. This implies that additional information must be inherited in each different cell type to instruct their fate. Moreover, because during our existence the genome does not change, our life experience cannot be transmitted to the next generation by the genome.
Based on several observations in different model organisms in recent years, many biologists have been questioning the dogmatic view of the genome as being the only source of information transmitted through cell divisions and across generations. The discovery and the characterization of new types of information transmitted along with the genome is what we usually call epigenetics. The capability of transmitting information across individuals beyond their genes is quite revolutionary in biology and this is the reason why the field of epigenetics is still very controversial and deeply investigated by many scientists around the world.
Nonetheless, extensive research in the past years helped to reveal how our genome is organized in the nucleus and to characterize the different types of transient chemical modifications that regulate the activity of the genome in our cells. These chemical modifications that surround the genome, called epigenetic modifications, constitute one of the fundamental bases of the epigenetic process. In addition, other types of molecules, such as RNA, serve to transmit heritable information across cell divisions. Drawing on this knowledge, we are starting to appreciate how epigenetic information can have an influence on the development of multicellular organisms and how it can impact human health. Thus, the full understanding of the mechanisms regulating epigenetic processes will contribute to expand our notion of genetics, heritability, and diseases.
This course aims to provide a basic fundamental knowledge of what is considered to be epigenetics and wants to illustrate well characterized examples of epigenetic phenomena in many different model organisms. In addition, we will explain in detail the molecules that participate in the epigenetic inheritance and their mechanisms of action. Furthermore, we will discuss the implication of epigenetics in development, and how environmental experiences can change our life and the life of our progenies through epigenetic mechanisms. Finally, we will describe examples of diseases that are influenced by epigenetic mechanisms.

Ce MOOC est en anglais. Les vidéos sont sous-titrées en français et en anglais.

Plus d'information, English version on the website of FUN (France Université Numérique)

Clôture des inscriptions : 8/11/19 - Fin du cours : 6/01/20

Génétique de la souris, 8/01-13/02/20

8/07/19

Cours labellisé module d'école doctorale et UE de Master Paris-Sud.

Ce cours intensif de 5 semaines qui associe séminaires et travaux pratiques met l'accent sur l'analyse de la fonction des gènes à tous les niveaux : le gène et son produit, la cellule et ses interactions, les tissus de l’embryon et l’animal entier. Il propose un programme approfondi à des étudiants de master, des doctorants ou des biologistes ou médecins diplômés qui souhaitent travailler sur la génétique expérimentale ou médicale des mammifères.

La partie théorique de ce cours porte en particulier sur l'analyse génétique des caractères mendéliens et quantitatifs, l'analyse phénotypique des variants génétiques, la biologie embryonnaire précoce, les cellules souches pluripotentes, les mécanismes cellulaires et moléculaires contrôlant l'embryogenèse, les modèles d'étude des oncogènes et des gènes suppresseurs de tumeurs, les méthodes d'étude de la lignée cellulaire dans les embryons de souris, l'édition du génome et systèmes d'expression conditionnels pour les transgènes, les approches optogénétiques etle  rôle des petits ARN.

La  partie pratique présente des méthodes et techniques utilisées pour dériver des cellules souches pluripotentes induites (iPS) à partir de cellules différenciées, pour étudier des caractères comportementaux, pour analyser la fonction des gènes chez des embryons ou adultes mutants, pour cartographier des caractères mendéliens et pour identifier des QTLs. Elle illustre également l'utilisation de l'interférence à ARN pour éteindre l'expression des gènes.

Registration deadline 15/09/19 - cours en Anglais - More about this course

Biologie moléculaire de la cellule, 13/01-14/02/20

8/07/19

Cours labellisé module d'école doctorale et UE de Master Paris-Sud.

Ce cours intensif de conférences et travaux pratiques de quatre semaines est organisé en collaboration avec l'Institut Curie ; il est consacré à la présentation de concepts actuels et de nouvelles techniques expérimentales dans l'étude des fonctions cellulaires.

Les thématiques abordées comprennent l'organisation fonctionnelle de la cellule, la communication de la polarité et du trafic intracellulaire, la signalisation cellulaire, la migration cellulaire et l'invasion, les cellules souches, l'apoptose, l'autophagie, les interactions cellule-pathogène, le cycle cellulaire et la mitose.

Les travaux pratiques permettent de se familiariser à la culture de cellules transfectées et infectées, la reconstitution in vitro des fonctions cellulaires, l'inactivation des gènes et les techniques de pointe de l'imagerie en direct.

Unité d'enseignement du M2 Paris-Sud et module d'école doctorale

Registration deadline 8/09/19 - cours en Anglais - More about this course

ABCD 2020: Advanced Biology Course in Development 2020 Edition, every Wednesday 18/03-17/06, ENS, Paris

21/02/20

ABCD (Advanced Biologyof Course in Development 2020 Edition) is a new course for Masters and PhD students from PSL-affiliated labs and research centers (ENS, Collège de France, Institut Curie, EPHE, ESPCI, IBPC, Mines Paris Tech, Institut Pasteur…).

This course will allow Parisian scientists to attend to high quality talks without travelling (environmentally friendly) and to foster interactions and collaborations between different teams.

The course will be held every Wednesday  (17:00-19:00) from March 18th to June 17th 2020 at the ENS, 46 rue d’Ulm.

The seminar is open to everyone but with limited space so registration is obligatory.

The main purpose of this course is to create a high-level yet welcoming place to learn, understand, discuss, step back, innovate and share multidisciplinary scientific breakthroughs from single cells to the adult organism with exceptional scientists.

The speaker will give an introduction for non-specialists followed by an hour-long conference-level presentation. The talk will be followed by a discussion session including a brief student presentation.  The discussion will be held around food and drinks to create a relaxed yet stimulating atmosphere.

At the end of the course we’ll organize a special event with all the speakers and students

The full course corresponds to 3 ECTS. If a grade is required, a small evaluation will be done. ECTS may also be applied to the new PSL Graduate Program’s Minors.

For PhD students the course will count towards the training hours required for fulfillment of Doctoral Program (ED) requirements.

We strongly advise students to assist to the whole course since seminars will cover biological questions ranging from those raised by single-cell studies as well as the holistic organism. Therefore, interesting links and analogies will appear over time, permitting acquisition of a wide vision nurtured by fascinating discussions.

More information and registration

MOOC BiG - Introduction to BioInformatics and Genomic Medicine, From July 4, 2021 to July 5, 2022

10/06/21

This follows the path of DNA sequencing in a medical context from data generation to variants interpretation. It is set in the current context of the major development of genomic medicine.

Information and registration on FUN web site

Écoles thématiques, écoles d'été et d'hiver...

Qlife: Quantitative Biology Winter Schools series

18/11/20

Two winter schools are organized by PSL and its Qlife program in quantitative biology and taught at the École normale supérieure.

Cell Dynamics in developmental systems, February 8th-12th, 2021, ENS

Through a series of lectures and digital workshops, the one-week winter school will cover a multiplicity of themes encompassing state-of-the-art quantitative approaches to analyze development and morphogenesis.

This school is designed for Master 2 and PhD students, as well as postdocs and junior scientists with biology, physics, computer science or mathematics backgrounds.

More information and registration

Deadline application: December 6th, 2020

Quantitative ecological genomics in the Tara ocean, March 19th-April 2nd, 2021, ENS

The workshop will cover a range of quantitative studies in ecology made possible by the extensive Tara Ocean datasets.

The winter school is limited to 20 participants. It is open to M2 students and PhD students, as well as postdocs, engineers and junior scientists with backgrounds in biology, physics, computer science or mathematics. Some coding ability in R or Python is required.

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Application deadline: December 31st, 2020

Summer School "Bioinformatics and biostatistical tools in medical genomics", 22-25/06/20, campus des Berges de Seine, Seine-Port (77)

12/03/20

The programme will cover statistical methodologies and bioinformatics tools used in genomics and metagenomics in the context of a comprehensive approach to pathological mechanisms. The course will include lectures by guest speakers as well as hands-on computer sessions* with experts in the field.

Confirmed speakers:

Confirmed practical sessions instructors :

Fees for PhD fellows and young postdoctoral fellows: 800 €. Fees include training sessions, accommodation and meals from June 22-25, 2020

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Formations programmées par des organismes de recherche : Inserm, CNRS, INRAE, CEA...

École thématique du CNRS "Internat21 : Petits ARN régulateurs (microARN, siARN et piARN)", 2-9/11/21, Sète

9/06/21

À la différence des conférences scientifiques classiques, les écoles thématiques proposent des enseignements coordonnés, pour présenter un domaine scientifique de manière pédagogique, avec une vision encyclopédiste (les premiers cours seront consacrés aux enseignements généraux sur le sujet, puis l'enseignement explorera progressivement des sujets plus spécialisés, de manière à apporter une vision d'ensemble, cohérente et à jour, de ce domaine scientifique). Les enseignements se feront en langue anglaise.

Une première édition de l'école thématique s'est tenue en octobre 2019. Le contenu des cours introductifs (la première demi-journée d'enseignement de l'école) de l'édition 2019 est accessible en langue française, en un document écrit disponible sur la plateforme HAL. Le programme proposé pour l'édition 2021 est très similaire à celui de l'édition 2019.

L'inscription est gratuite pour les agents CNRS, et un tarif préférentiel est prévu pour les membres des autres institutions académiques et pour les étudiants. L'école thématique sera limitée à 40 participants : les pré-inscriptions sont ouvertes jusqu'au 25 juillet, puis si le nombre de pré-inscrits dépasse 40, le comité d'organisation et le comité scientifique devront sélectionner les participants parmi les pré-inscrits (il devrait cependant être possible d'augmenter, dans une certaine mesure, l'effectif maximal de participants).

Préinscriptions jusqu'au 25/07/21 - Inscriptions jusqu'au 25/09/21

Informations et pré-inscriptions : sur le site web de l'école thématique

Atelier PPI "Les interactions protéine-protéine, approches in vivo/in vitro/in silico", 13-16/10/20, CEA Saclay - ANNULÉ et reporté au printemps

11/03/20 - actualisation : 6/08/20 - 28/09/20

Les biologistes sont confrontés à des données de plus en plus nombreuses sur les interactions protéine-protéine. Pour une même protéine, les données d'interactions proviennent souvent de méthodes très différentes, rendant délicate la comparaison des résultats. Mieux analyser la fiabilité des différents résultats publiés, aider les étudiants à entreprendre eux-mêmes ou en collaboration des mesures d'interaction adaptées aux questions posées constitue le cadre de notre formation. Au cours des quatre jours d'atelier, nous explorerons différentes échelles d’analyse en partant des approches les plus globales, in vivo, puis en se focalisant sur des analyses plus détaillées à l’échelle atomique.

Mots clés : Biophysique – Biochimie – Bioinformatique – Réseau interactions – Approches intégrées

L’atelier présente un nombre équilibré d’heures de cours, de TP et de TD. Les exemples pratiques présentés sont issus de publications du laboratoire. Des discussions sont proposées entre les étudiants et les encadrants tout au long de l’atelier.

L'atelier est organisé par Jean-Baptiste Charbonnier et l'équipe pédagogique se compose de :

Plus d'information, modalités d'inscription, contact

Ateliers de l'Inserm

23/12/15

Pour les doctorants, post-doctorants et Master 2, les frais d'inscription aux sessions théoriques sont de 160 € (hors frais d'hébergement).

Contacts :

École de bioinformatique AVIESAN, 3-8/11/19

12/04/19

L’Institut thématique multi-organismes génétique, génomique et bioinformatique (IGGB)de l’Alliance nationale pour les sciences de la vie et de la santé (AVIESAN) co-organise avec l'Institut français de bioinformatique, une formation dédiée à l'initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit, du 3 au 8 novembre à Roscoff.

La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, une ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies “long reads”.

Information, programme et inscription

Date limite d'inscription: 31 mai 2019.

Formation à l'Analyse de génomes bactériens via la plate-forme MicroScope, 25-29/09/17, Évry

4/08/17

L'équipe LABGeM du Genoscope organise régulièrement des formations dédiées à l'analyse de génomes bactériens via l'utilisation de la plate-forme MicroScope.

Les prochaines formations «Annotation and analysis of prokaryotic genomes using the MicroScope platform» auront lieu sur 4,5 jours à Évry, du 25 au 29 septembre 2017 et du 12 au 16 mars 2018.

Les objectifs de cette formation sont de permettre aux participants de :

Chaque session est composée pour moitié de théorie et pour moitié de travaux pratiques. Durant la formation, les participants ont la possibilité de travailler sur leurs propres données pendant les travaux pratiques. Elle concerne aussi bien les personnes ayant déjà un projet d'annotation sur cette plate-forme et souhaitant approfondir son utilisation, qu'à celles souhaitant s'initier à la génomique microbienne.

En complément, si vous êtes utilisateur de la plate-forme MicroScope et que vous avez déjà suivi une formation MicroScope, la plateforme propose la formation "Plate-forme MicroScope - cours avancé ». En effet, la plate-forme MicroScope étant en constante évolution, elle vous propose de mettre à jour vos connaissances sur ses dernières évolutions et d'approfondir certaines de ses fonctionnalités majeures.

Cette formation permettra donc de consolider votre utilisation de la plate-forme mais également d'aller plus loin :

Elle aura lieu sur 2 jours à Évry les 4 et 5 décembre 2017.

Pour plus d'information et pour s'inscrire

Des collaborateurs de l'Université d'Évry-Val d'Essonne en charge de l'organisation de la formation prendront ensuite contact avec vous afin de vous transmettre le devis, ainsi que la convention de formation.

Se former à l'étranger

Cours EMBO

Voir la programmation complète

Virtual course "Mathematics of life: Modelling molecular mechanisms" 27/09-1/10/21

9/06/21

This course will provide participants with an introduction and hands-on training on modelling approaches, tools and resources used in systems biology as well as touch on network analysis.

It is aimed at experimental biologists, bioinformaticians and mathematicians who have just started in systems biology, are familiar with the basic terminology in this field and who are now keen on gaining a better knowledge of systems biology modelling approaches to understand biological and biomedical problems.

Information and registration

Applications close : 2 July 2021

Cours EMBO "FISHing for RNAs: Classical to Single Molecule Approaches", Heidelberg, 15-20/03/20

25/10/19

Over the past decades it became evident that a RNA transcripts specific amount and localisation are important in order to understand the biological function of its (non-) coding gene. Whereby state-of-the-art in situ hybridisation (ISH) technologies are key to visualise these RNAs in a given tissue or cell. This course aims to highlight three powerful RNA visualisation techniques in histological tissue samples. During this course the participants will learn to validate the cellular localisation of candidate genes from transcriptome studies through conventional ISH and, the more recent cutting-edge, smFISH (Single Molecule Fluorescent ISH) and HCR-ISH (Hybridization Chain Reaction), based RNA ISH hybridisation methods. Additionally, the course will also cover essential tissue embedding protocols that are adapted for use in visually interrogating RNA transcripts in mammalian tissues.

This course is directed to early stage scientists (PhD and Postdocs) from the fields of RNA and molecular biology as well as various fields with an interest in these methodologies.

Application deadline: 7 Jan 2020

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EMBO-FEBS Lecture Course "The new microbiology", 4-12/09/19, Spetses Island, Greece

12/04/19

Spetses Summer courses are well known for covering various specialized topics within the general fields of molecular and cell biology and also microbiology. This latter field has witnessed a real renaissance in the last twenty years and in this particular FEBS/EMBO Lecture Course with support of IUBMB, we intend to cover different aspects of ‘the New Microbiology’, including bacterial diversity, microbial communities/microbiotas, symbiosis, biofilms, small RNAs or bacterial pathogens.

Abstract submission and registration deadline: 20 April

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Cours de la FEBS, Federation of European Biochemical Societies

3/12/18

Explore the FEBS Advanced Courses Programme 2019! Course summaries will be gradually added over the coming weeks, and links to the website for each event will be given once these open.

FEBS Youth Travel Fund grants will be available for each course to assist participation of early-career scientists.